Премии могут быть не прописаны в Трудовом договоре. Что обычно и бывает. Особенно, если они имеют разовый, а не регулярный характер. На каждую оф. выплату премии должны издаваться приказы (напр, за добросовестный труд, в честь какого-то праздника, за рац. предложение и пр.) Их могут и в конверте выдать, предварительно опять же официально удержав НДФЛ.
Если есть сомнения, с какой суммы у вас налог удерживают, запросите в бухгалтерии справку НДФЛ-2. Они обязаны вам ее выдать по первому же требованию! Или в каждую ЗП обязаны выдавать расчетный листок. Там все видно, какие статьи доходов и налоги.....
Вариант бело-серой ЗП наиболее распространен. В ТД прописывают оф. часть (она как правило невелика) Так руководство уходит от налогов, а вот "черную" часть дают в конвертах. В случае недружественного, скандального увольнения, доказать эту чернушную часть ЗП будет практически нереально! Кстати,могут и отпуск и больничный рассчитывать исходя только из оф. "белой" части!