Трагические судьбы актёров советского кино порой вызывают больше вопросов, чем ответов. Такая участь постигла и Сергея Филиппова, блестяще исполнившего роль Кисы Воробьянинова.
В 1965 году у него была обнаружена опухоль головного мозга.
Последние годы своей жизни Филиппов провёл в бедности и одиночестве, он буквально голодал. Сергей Филиппов умер от рака 19 апреля 1990 года. Евгений Моргунов так сказал об этих событиях:
"Самое страшное — остаться одному. Знаете, горе какое случилось у прекрасного комика, удивительного человека Сергея Николаевича Филиппова? Как бессердечно отнеслась ленинградская общественность к артисту, который смешил всех, которого боготворили, которому предлагали выпить все. Он умер один в своей квартире и лежал две недели. Соседи обратились на «Ленфильм» (за год до того у Филиппова умерла жена, он остался один). «Ленфильм» принял ужасающее решение (не дали на похороны ни копейки денег). И только Сашенька Демьяненко, замечательный наш Шурик, собрал по копейкам деньги у актёров, которые были на пенсии, у актёров, которые знали Филиппова, сделали гробик и закопали. И слова совершенно гениальные написали на могиле: «И не будет в день погребения ни свечей, ни церковного пения». Это его любимые были стихи.
Похоронен на Северном кладбище, рядом с Антониной Голубевой.
Сын артиста узнал о смерти Филиппова слишком поздно, и приехать на похороны не смог.